Il coordinamento del JRS è assicurato dall’ufficio internazionale di Roma, che offre servizi di collegamento e supporto per le 10 regioni del JRS nel mondo. L'ufficio ha sede presso il quartier generale della Compagnia di Gesù – la Curia dei Gesuiti. Sotto la guida del direttore internazionale, lo staff lavora per migliorare la qualità dei programmi del JRS, l'amministrazione, l'advocacy, la comunicazione e la gestione delle risorse umane attraverso regolari visite ai progetti, formazione, sviluppo e standardizzazione di linee guida, risorse e procedure.

Trent’anni dopo la fondazione del JRS Asia del Pacifico, il lavoro si è esteso fino ad assistere migranti forzati in sette diversi Paesi: Australia, Cambogia, Indonesia, Papua Nuova Guinea, Filippine, Singapore, Timor Est e Tailandia, per un totale di oltre 310 mila beneficiari*.

In Europa, il JRS si occupa principalmente di migranti in detenzione e di migranti forzati che vivono condizioni di povertà estrema. Con le politiche nazionali in tutta la regione che prevedono la detenzione per i migranti che arrivano sprovvisti di documenti, leggi e pratiche molto severe in materia di asilo e un atteggiamento dell'opinione pubblica generalmente ostile nei confronti dei richiedenti asilo, gli uffici del JRS in Europa hanno molto lavoro da fare. Ci sono 14 uffici nazionali e persone di contatto in altri sette Paesi.

La regione del JRS Grandi Laghi è stata creata nel 1995 in seguito al genocidio in Rwanda e ad altri casi di violenza etnica generalizzata. Il primo team è stato inviato a Bukavu, nella regione orientale della Repubblica Democratica del Congo (RDC), e da lì la presenza del JRS si è rapidamente estesa ad altre zone del Congo, del Burundi e del Rwanda. Da allora, i team del JRS hanno accompagnato persone sradicate dalla violenza in gran parte motivata dallo sfruttamento dell'identità etnica e/o dalla competizione per le risorse preziose.

Il JRS ha iniziato il proprio lavoro in Africa Orientale nei primi anni '80, fornendo generi alimentari, ricoveri e assistenza medica a migliaia di persone sfollate dalla guerra e dalla carestia imperversanti in Etiopia. All'inizio degli anni '90, la regione in cui operava il JRS Africa Orientale ha raggiunto la stabilità, ed è gradualmente cresciuta per dimensioni e opportunità. Attualmente, il JRS Africa Orientale lavora in 13 progetti in corso in cinque diversi paesi (Etiopia, Kenya, Sud Sudan, Sudan e Uganda), incentrando la propria attività su educazione, counselling psicosociale e pacificazione. Nel 2014, il JRS Africa Orientale ha servito quasi 50.000 sfollati

Il JRS ha due principali focus in questa regione: la guerra civile in Colombia e la condizione critica del popolo di Haiti. Per servire gli sfollati interni e rifugiati colombiani nei tre Paesi confinanti, il JRS non è presente nei campi profughi, ma soprattutto nelle zone di confine e nelle periferie urbane, dove le persone messe in fuga dalla violenza nelle zone rurali vivono in una condizione di grave esclusione sociale. Il lavoro tra la gente di Haiti si concentra sul confine tra Haiti e la Repubblica Dominicana, a Santo Domingo, e, dal 2010, nei campi in cui vivono i sopravvissuti del terremoto di Port-au-Prince.

Nel Medio Oriente e Nord Africa, il JRS è in contatto solo con rifugiati urbani, per lo più iracheni, che vivono in condizioni estremamente precarie. Dietro incoraggiamento del Padre Generale della Compagnia di Gesù, Adolfo Nicolás SJ, il JRS ha iniziato l'attività in Siria e in Giordania nel 2008; questi due Paesi accolgono la maggior parte dei rifugiati iracheni, che costituiscono in secondo gruppo per grandezza di persone di competenza dell'UNHCR in tutto il mondo – si stima che siano circa 1 milione e 800 mila persone. L'anno successivo il JRS ha esteso il suo mandato alla Turchia, che è un Paese di arrivo e anche un crocevia per i rifugiati che sperano di raggiungere l'Europa o sono in attesa di essere reinsediati. In Turchia, il JRS assiste richiedenti asilo e rifugiati provenienti da Iran, Iraq, Afghanistan e Sudan.

In questa regione, il JRS accompagna, serve e difende i diritti di migliaia di persone messe in fuga dal conflitto in Sri Lanka, sull'isola e nel vicino Tamilnadu. Un altro progetto di lunga durata ha assicurato un'istruzione di qualità per migliaia di rifugiati butanesi nei campi profughi del Nepal; questi rifugiati ora vengono reinsediati in Paesi terzi. Più recentemente, il JRS ha iniziato l’attività in Afghanistan, sostenendo coloro che rimpatriano attraverso istruzione, servizi sanitari e attività di generazione di reddito.

Il problema degli sfollati interni in seguito agli sconvolgimenti politici ed economici in Zimbabwe è al centro dell'interesse del JRS nella regione. Allo stesso tempo, in Angola, Malawi, Sud Africa e Zimbabwe, il JRS accompagna rifugiati di altri Paesi africani, realizzando progetti nelle città e nei campi profughi.

Negli Stati Uniti, il JRS è impegnato a sostenere le persone che sono soggette a detenzione per questioni di immigrazione e rimpatrio forzato. Lo fa soprattutto attraverso servizi di cappellania, assistenza umanitaria e advocacy. Il JRS USA, fondato nel 1983 per sensibilizzare la società e attirare volontari, dalla fine degli anni Novanta si dedica soprattutto alla detenzione.

Nell'Africa Occidentale, il JRS lavora in due Paesi a grave rischio: il Ciad e la Repubblica Centrafricana. Arrivando in Ciad nel 2004, il JRS ha organizzato un numero impressionante di progetti educativi nell'est del Paese, devastato dalla guerra civile e dalle tensioni interetniche, esacerbate dall'estendersi del conflitto in Darfur. Alla fine del 2008, il JRS è arrivato nella Repubblica Centrafricana per offrire servizi con un forte accento sulle comunità in due province colpite dalla guerra, Ouham e Haute Kotto.